男性患者出现频繁疼痛无法入睡且尿急尿不出，经过肠胃镜和B超检查仍无法确定病因该如何处理

病情分析：这种情况下，患者可能患有泌尿系感染、前列腺问题或膀胱功能障碍。进一步检查和治疗是必要的。

1.泌尿系感染：尿液检查可能揭示感染迹象，如白细胞增多或细菌存在。如果确诊为感染，抗生素治疗通常是有效的。

2.前列腺疾病：特别是在中老年男性，前列腺增生或炎症可能导致排尿困难。这可以通过直肠指检、前列腺特异性抗原检测以及前列腺超声来评估。

3.膀胱功能障碍：可能涉及神经性因素或机械性梗阻，这需要泌尿科医生进行更详细的测试，如尿动力学研究，以评估膀胱和尿道的功能。

4.影像学检查：如CT扫描或核磁共振成像，可以提供更精确的信息，有助于发现隐匿病变。

在未明确病因之前，建议使用止痛药物来缓解疼痛，并在专业医学指导下进行适当的膀胱管理方法，避免尿潴留引起并发症。